Modules d'analyse et de visualisation d'images 3D pour Avizo

(dernière version : 0.93, 30 novembre 2023)

 

Au terme de plusieurs années d'études et de recherche sur l'utilisation d'images de tomographie à rayons X pour la caractérisation de matériaux, un ensemble de modules d'analyse et de traitements d'images 3D a été développé et intégré dans Avizo. Ces modules sont disponibles via un exécutable d'installation.

 

Cet exécutable contient des modules de traitement, d'analyse, de visualisation, allant des filtres morphologiques de base à des opérateurs plus élaborés pour des problèmes spécifiques. Tous ces modules, se trouvent soit dans une sous-catégorie EP dans Avizo, soit sont préfixés par "EP_". Ces modules devraient tous être documentés, et dans chaque fichier d'aide se trouve un lien vers la liste de tous les modules du paquet.

 

La dernière intégration est faite dans Avizo 9.2 pour Windows.

 

La liste complète de tous les modules contenus dans ce paquet est ici, avec des liens vers toute la documentation.

 

Notes

• Ces modules étaient disponibles dans le projet Image Quantification Algorithms sur CCPForge, cependant ce site est désormais fermé.
• Si vous utilisez ces modules dans votre travail, veuillez citer Erwan Plougonven et les éventuelles références dans les fichiers d'aide correspondants.
• Si vous utilisez une version plus récente d'Avizo et aimeriez une version mise à jour de ces modules, faites-le moi savoir.

Exemples

Voici quelques exemples de modules disponibles.

Ligne de partage des eaux

 

Méthode permettant de séparer des régions ou objets qui sont connectées dans une image. Cela demande quelques prétraitements pour marquer les zones à séparer et déterminer une carte d'influence des zones (e.g. via une carte de distance).

 

Visualisation des séparations

Après segmentation des régions ou des éléments de l'objet, permet de visualiser les faces des pixels qui sont partagées entre deux régions.

Distance géodésique

 

Distance à l'intérieur d'un objet ou d'un masque. Utile pour des mesures de tortuosité.

Visualiser un champ vectoriel

Permet la visualisation en 3D d'un champ vectoriel, avec de nombreuses options pour améliorer la lisibilité.

Traçage de particules

 Moyennant un champ vectoriel représentant un écoulement, simule des particules s'y écoulant, avec des mesures telles que vitesse, âge de la particule, accumulation des contraintes qui y sont appliquées, etc.

Lire la vidéo

 

 

Rose de direction

 

Couplée à la fonction d'autocorrélation, permet de mesurer l'anisotropie.

Histogramme de distances

 Une mesure possible qui informe sur la taille des structures. Plus les structures sont grandes ou épaisses, plus l'histogramme sera étalé vers la droite (distances élevées aux "bords" des structures).

 

Empilage aléatoire de sphères

 

Pour simuler des matériaux modèles, crée des empilage quasi-compacts ou non de sphères, ainsi que les images 3D à n'importe quelle résolution, et le graphes d'adjacence correspondant.

Détection des côtés d'un objet

 Pour des formes parallélépipèdiques, identifie les 6 côtes de l'objet (supposant qu'il est à peu près aligné dans l'image). Utile pour des calculs liés à la filtration.

Conversion partition-graphe

 Lié aux phénomènes de transport, génère à partir d'une image segmentée une structure de graphe.